Classmate (♀) to Meikyuu no Futekisetsu na Kouryakuhou

निशी हाई स्कूल दो साल में बंद होने वाला है और वहाँ के छात्रों की संख्या घटकर सात रह गई है, जिनमें हज़ाकुरा मोतोया भी शामिल हैं, जो शिक्षा के अंतिम मुफ्त वर्ष के लिए बचे हुए हैं। तीन नई महिला ट्रांसफर छात्राएँ—कायामा, मिज़ुमुरा और तोऊजो—अचानक आती हैं। वे एक सैन्य इकाई का हिस्सा हैं जो प्रेसिडेंट के सीधे आदेश के तहत काम करती है। उनकी आगमन के कुछ समय बाद ही स्कूल के परिसर में एक विशाल टावर दिखाई देता है। केवल चुनिंदा लोग ही इसे देख सकते हैं और कहा जाता है कि देश की हालिया सैन्य प्रगति के पीछे इस टावर के भीतर एकत्र किए गए डेटा का योगदान है। मोतोया को टावर के रहस्यों की जाँच करने के लिए इन तीन लड़कियों के साथ टावर में प्रवेश करने के लिए चुना जाता है।