Classmate (♀) to Meikyuu no Futekisetsu na Kouryakuhou

A Nishi High School está prestes a fechar em dois anos, e seu corpo discente foi reduzido a sete alunos, incluindo Hazakura Motoya, que permanece no último ano de escolaridade gratuito. Três novas alunas transferidas — Kayama, Mizumura e Toujou — chegam inesperadamente. Elas fazem parte de uma unidade militar que opera diretamente sob o comando do presidente. Pouco tempo depois de sua chegada, uma torre gigantesca surge no terreno da escola. Apenas alguns escolhidos conseguem vê-la, e os recentes avanços militares do país são ditas terem surgido a partir de dados coletados dentro dela. Motoya é escolhido para entrar na torre junto com as três garotas para investigar seus segredos.