Classmate (♀) to Meikyuu no Futekisetsu na Kouryakuhou

니시 고등학교는 2년 뒤 폐교가 결정되었고, 학생 수는 하자쿠라 모토야를 포함해 불과 7명에 불과하다. 그들은 마지막으로 무상교육 기간을 보내기로 한다. 이때 갑작스럽게 쿠마다, 미즈무라, 투죠의 세 명의 여학생 전학 문제가 들어오는데, 이들은 대통령의 직접 지휘를 받는 군사 조직에 소속되어 있다. 그들의 도착 직후, 학교 내부에 거대한 타워가 나타나는데, 이걸 볼 수 있는 사람은 극소수뿐이며, 최근 국가의 군사 기술 발전은 이 타워 내부에서 수집된 데이터에서 비롯된다고 한다. 모토야는 세 명의 여학생과 함께 이 타워에 들어가 그 비밀을 밝혀내는 데 선택된다.