Еп. 9: Кою атакує Фестум і затягує його в океан, тоді як його батьків виганяють з острова.
Вийшов 6 вересня 2004 р.

Кою раптово зазнає нападу з боку Фестуму, змушуючи його віддати підводний човен, в якому перебувають Мая та Кьохеї, перш ніж його затягне в море. Сакура дістає кабіну з пілота з його Фасфнера в той самий момент, коли острів руйнується. Стає зрозуміло, що Кою втратив значну частину спогадів, а інші діти виявляють, що його центральна нервова система була асимільована. Тим часом батьки Кою переживають через виховання дитини, яку вони тепер вважають марною, що призводить до їхнього вигнання з острова.
Епізоди
- Еп. 5 · Гестер Галлоп вимагає передати Fafner Mark Sechs, поки Festum атакують наближений флот і острів.
- Еп. 6 · Шоко жертвує собою, щоб знищити Фестум, тоді як Казукі усуває першу загрозу.
- Еп. 7 · Коюо сумує за Шоко, тоді як Сакура вважає смерть проявом хоробрості під час тренування з пейнтболу та змін хромосом.
- Еп. 8 · Команда досліджує острів, поки Maya лікує поранених, а Koyo виходить з червоного ядра.
- Еп. 9 · Кою атакує Фестум і затягує його в океан, тоді як його батьків виганяють з острова.
- Еп. 10 · Казукі згадує про травму Соші, а Хіроту повстає, перш ніж Мая відвідує його, і Казукі демонструє ріст кристалів.
- Еп. 11 · Казукі та Юкіє залишають острів на Mark Elf, прибуваючи до міста, де стикаються з Festum і потрапляють у полон до сил Neo UN.
- Еп. 12 · Мамору та інші пілоти Fafners проти Festum, тоді як Казукі стикається з ув'язненням, а приховані почуття Соші виходять на поверхню.
- Еп. 13 · Міцухіро пояснює знищення Японії та геноцид Фестумів, тоді як Гестер демонструє зброю нового покоління.