Tập 9: Koyo bị Festum tấn công và bị kéo xuống biển trong khi cha mẹ anh bị trục xuất.
Phát sóng ngày 6 tháng 9, 2004
Koyo bất ngờ bị một Festum tấn công, buộc anh phải giao lại chiếc tàu ngầm chứa Maya và Kyouhei trước khi bị kéo xuống biển. Sakura giải phóng buồng lái của Koyo khỏi chiếc Fafner của anh ngay khi hòn đảo bị phá hủy. Rõ ràng là Koyo đã mất đi nhiều ký ức, và những đứa trẻ khác phát hiện ra hệ thần kinh trung ương của anh đã bị đồng hóa. Trong khi đó, cha mẹ Koyo chịu đựng nỗi đau khổ vì phải nuôi dạy một đứa trẻ mà họ giờ đây coi là vô dụng, dẫn đến việc họ bị trục xuất khỏi hòn đảo.
Số tập
- Tập 5 · Hester Gallop yêu cầu chuyển giao Fafner Mark Sechs trong khi Festum tấn công hạm đội và hòn đảo đang tiến lại gần.
- Tập 6 · Shoko hy sinh bản thân để tiêu diệt Festum trong khi Kazuki đối phó với mối đe dọa đầu tiên.
- Tập 7 · Koyo thương tiếc Shoko trong khi Sakura xem cái chết là dũng cảm trong buổi tập bắn sơn và sự thay đổi nhiễm sắc thể.
- Tập 8 · Đội khám phá hòn đảo trong khi Maya điều trị cho nhân viên bị thương và Koyo xuất hiện từ lõi đỏ.
- Tập 9 · Koyo bị Festum tấn công và bị kéo xuống biển trong khi cha mẹ anh bị trục xuất.
- Tập 10 · Kazuki nhớ lại việc gây thương tích cho Soushi trong khi Hiroto nổi loạn trước khi Maya ghé thăm và Kazuki thể hiện sự phát triển của tinh thể.
- Tập 11 · Kazuki và Yukie rời đảo cùng Mark Elf, đến một thành phố nơi họ đối mặt với Festum và bị lực lượng Neo UN bắt giữ.
- Tập 12 · Mamoru và những người khác điều khiển Fafners chống lại Festum trong khi Kazuki đối mặt với sự giam cầm và những cảm xúc giấu kín của Soushi trỗi dậy.
- Tập 13 · Mitsuhiro giải thích sự hủy diệt của Nhật Bản và nạn diệt chủng Festum trong khi Hester ra mắt một vũ khí mới.