Эп. 9: Койо атакует Фестум, и его утаскивает в океан, пока его родителей изгоняют.
Вышел 6 сентября 2004 г.
Койо внезапно подвергается нападению Фестума, что вынуждает его передать подводную лодку с Маем и Кёхэем, после чего его затягивает в море. Сакура извлекает кабину Койо из его Фафнера в момент разрушения острова. Оказывается, что Койо потерял значительную часть памяти, а остальные дети обнаруживают, что его центральная нервная система была ассимилирована. Тем временем родители Койо испытывают страдания из-за воспитания ребенка, которого они теперь считают бесполезным, что приводит к их изгнанию с острова.
Эпизоды
- Эп. 5 · Гестер Галлоп требует передать Fafner Mark Sechs, Festum атакуют приближающийся флот и остров.
- Эп. 6 · Шоко приносит себя в жертву, чтобы уничтожить Фестум, пока Кацуки справляется с первой угрозой.
- Эп. 7 · Койо скорбит по Сёко, а Сакура считает смерть проявлением доблести во время тренировки по пейнтболу и изменениями хромосом.
- Эп. 8 · Команда исследует остров, пока Мая лечит раненых, а Койо появляется из красного ядра.
- Эп. 9 · Койо атакует Фестум, и его утаскивает в океан, пока его родителей изгоняют.
- Эп. 10 · Кадзуки вспоминает о травме Соши, Хирото восстаёт, пока Мая навещает их, и Кадзуки демонстрирует рост кристаллов.
- Эп. 11 · Кадзуки и Юкиэ покидают остров на Марк Эльф и прибывают в город, где сталкиваются с Фестумом и попадают в плен к силам Нео ЮН.
- Эп. 12 · Мамору и другие пилотируют Фавнеров против Фестума, пока Казуки сталкивается с заключением, а скрытые чувства Соши выходят на свет.
- Эп. 13 · Митсихиро объясняет разрушение Японии и геноцид Festum, пока Гестер демонстрирует новое оружие.