9화: 코요가 페스텀의 공격을 받아 부모와 함께 섬에서 추방되며 바다로 끌려간다.
2004년 9월 6일 방영
코요가 갑자기 페스텀의 습격을 받아 마야와 교헤이가 탄 잠수함을 넘겨준 뒤 바다로 끌려간다. 사쿠라가 섬이 파괴되는 순간 코요의 파스파너에서 조종석을 꺼내며, 코요가 많은 기억을 잃었고 중추신경계가 동화되었음이 드러난다. 한편 코요의 부모는 쓸모없는 아이를 키우는 데 시달리며 섬에서 추방된다.
에피소드 수
- 5화 · Hester Gallop이 Festum의 기습 공격 중 approaching fleet과 섬을 향해 Fafner Mark Sechs를 요청하다
- 6화 · 쇼코가 페스텀을 파괴하기 위해 자신을 희생하고 카즈키가 첫 번째 위협을 처리한다
- 7화 · 코요는 쇼코를 애도하고 사쿠라는 페인트볼 훈련 중 죽음을 용기로 여기며 염색체 변화가 일어난다
- 8화 · 팀이 섬을 탐험하고 마야가 부상자를 치료하며 코요가 레드 코어에서 등장한다.
- 9화 · 코요가 페스텀의 공격을 받아 부모와 함께 섬에서 추방되며 바다로 끌려간다.
- 10화 · 카즈키는 소우시의 부상을 초래한 것을 기억하고 히로토가 반란을 일으키며 마야가 방문하고 카즈키가 수정 성장을 보여준다.
- 11화 · Mark Elf를 타고 섬을 떠난 Kazuki와 Yukie, 도시에서 Festum과 Neo UN군대에 맞서다
- 12화 · 마모루와 다른 이들은 페스텀에 맞서 파프너를 조종하고, 카즈키는 구금되며 소우시의 숨겨진 감정이 드러난다.
- 13화 · 미쓰히로가 일본의 파괴와 페스텀 학살을 설명하고 헤스터가 새로운 무기를 공개한다.