Tập 12: Mamoru và những người khác điều khiển Fafners chống lại Festum trong khi Kazuki đối mặt với sự giam cầm và những cảm xúc giấu kín của Soushi trỗi dậy.
Phát sóng ngày 27 tháng 9, 2004
Mamoru Kodate, Kenji Kondo và Sakura Kaname được chọn làm ứng cử viên điều khiển Fafners. Đồng thời, Kazuki và Yukie nghi ngờ về lý do đằng sau việc bị giam giữ. Khi một Festum mới đang tiến đến, các phi công mới này được thử thách để đánh bại nó. Mamoru vạch ra một kế hoạch bỏ qua các mệnh lệnh cụ thể của Soushi. Ba người hợp tác thành công trong việc đánh bại Festum nhưng sau đó bị giam cầm vì hành động dựa trên phán đoán riêng. Trong khi đó, Soushi học được từ Fumihiko rằng Kazuki từ chối bản thân mỗi ngày, bỏ qua bất kỳ sự đồng hóa nào. Maya nhận ra rằng Soushi có tình cảm với Kazuki. Michio đưa Kazuki lên boong tàu, nơi họ cũng gặp Canon, trước khi đến căn cứ Moldova.
Số tập
- Tập 8 · Đội khám phá hòn đảo trong khi Maya điều trị cho nhân viên bị thương và Koyo xuất hiện từ lõi đỏ.
- Tập 9 · Koyo bị Festum tấn công và bị kéo xuống biển trong khi cha mẹ anh bị trục xuất.
- Tập 10 · Kazuki nhớ lại việc gây thương tích cho Soushi trong khi Hiroto nổi loạn trước khi Maya ghé thăm và Kazuki thể hiện sự phát triển của tinh thể.
- Tập 11 · Kazuki và Yukie rời đảo cùng Mark Elf, đến một thành phố nơi họ đối mặt với Festum và bị lực lượng Neo UN bắt giữ.
- Tập 12 · Mamoru và những người khác điều khiển Fafners chống lại Festum trong khi Kazuki đối mặt với sự giam cầm và những cảm xúc giấu kín của Soushi trỗi dậy.
- Tập 13 · Mitsuhiro giải thích sự hủy diệt của Nhật Bản và nạn diệt chủng Festum trong khi Hester ra mắt một vũ khí mới.
- Tập 14 · Maya và Kyouhei giải cứu Kazuki trong khi Neo UN xâm nhập căn cứ Alvis để lấy lõi Festum.
- Tập 15 · Kazuki đối đầu với Idun trong hố dung nham, đồng thời suy ngẫm về chấn thương quá khứ và các cấy ghép tinh thể.
- Tập 16 · Hạm đội Liên Hợp Quốc Neo chiếm giữ căn cứ Alvis trong khi Seri và Tsubaki đoàn tụ trước cuộc tấn công của Festum.