Ep. 12: Mamoru und andere steuern Fafners gegen Festum, während Kazuki in Haft ist und Soushis verborgene Gefühle zutage treten.
Ausgestrahlt am 27. September 2004

Mamoru Kodate, Kenji Kondo und Sakura Kaname werden als Kandidaten für die Steuerung der Fafners ausgewählt. Gleichzeitig hinterfragen Kazuki und Yukie die Gründe ihrer Inhaftierung. Als ein neues Festum naht, werden die neuen Piloten getestet, um es zu besiegen. Mamoru entwirft einen Plan, der Soushis spezifische Befehle ignoriert. Die drei besiegen das Festum erfolgreich, werden jedoch anschließend wegen eigenmächtigen Handelns in Haft genommen. Inzwischen erfährt Soushi von Fumihiko, dass Kazuki sich täglich selbst verleugnet und jegliche Assimilation umgeht. Maya erkennt, dass Soushi Gefühle für Kazuki hegt. Michio bringt Kazuki auf das Deck des Schiffes, wo sie auch Canon treffen, bevor sie die Moldova-Basis erreichen.
Episoden
- Ep. 8 · Das Team erkundet die Insel, während Maya Verwundete versorgt und Koyo aus einem roten Kern hervortritt.
- Ep. 9 · Koyo wird von einem Festum angegriffen und ins Meer gezogen, während seine Eltern verbannt werden.
- Ep. 10 · Kazuki erinnert sich daran, Soushis Verletzung verursacht zu haben, während Hiroto rebelliert, bevor Maya vorbeikommt und Kazuki das Kristallwachstum zeigt.
- Ep. 11 · Kazuki und Yukie verlassen die Insel mit der Mark Elf und landen in einer Stadt, wo sie auf Festum treffen und von Neo-UN-Truppen gefangen genommen werden.
- Ep. 12 · Mamoru und andere steuern Fafners gegen Festum, während Kazuki in Haft ist und Soushis verborgene Gefühle zutage treten.
- Ep. 13 · Mitsuhiro erklärt die Zerstörung Japans und das Festum-Genozid, während Hester eine neue Waffe vorstellt.
- Ep. 14 · Maya und Kyouhei retten Kazuki, während die Neo-UN die Alvis-Basis für den Festum-Core angreift.
- Ep. 15 · Kazuki konfrontiert Idun in einer Lavagrube, während er über seine vergangenen Traumata und Kristallimplantate nachdenkt.
- Ep. 16 · Die Neo-UN-Flotte sichert die Alvis-Basis, während Seri und Tsubaki vor einem Festum-Angriff wiedervereint werden.