Ep. 17: Shima e Shizuno esplorano il Caladrius Zegapain mentre Sin si infiltra nell'Oceanus per interrogare i Cerebranti.
In onda il 27 luglio 2006

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Durante una gita sul Caladrius Zegapain riparato, Shima e Shizuno si allontanano dalla nave principale. Nel frattempo, Minato e l'equipaggio dell'Oceanus affrontano una minaccia da parte di Sin, che si è infiltrato con successo nella nave. L'obiettivo di Sin è interrogare i Cerebranti sulle loro motivazioni per combattere i Gards-orm. Dopo aver ricevuto una risposta da Ryoko che lo soddisfa, Sin procede a ripristinare i dati danneggiati di Ryoko. Questa sequenza di eventi evidenzia la tensione tra gli sforzi di difesa dell'equipaggio e l'indagine interna di Sin sulle origini del conflitto, culminando nel ripristino delle informazioni di Ryoko dopo l'interrogatorio.
Episodi
- Ep. 13 · Ryoko diventa il pilota di Kyo ma muore quando lo Zegapain Altair viene distrutto da Sin.
- Ep. 14 · Kyo elabora il lutto per Ryoko mentre Lu Sheng spiega l'archiviazione umana sui server e Shizuno individua Ryoko nei dati di Altair.
- Ep. 15 · Kyo affronta la realtà del reset del server mentre lo Zegapain Hraesvelgr subisce gravi danni combattendo Coatlicue.
- Ep. 16 · Il server di Maihama si resetta mentre Ryoko torna in coma e Kyo affronta il dolore esistenziale
- Ep. 17 · Shima e Shizuno esplorano il Caladrius Zegapain mentre Sin si infiltra nell'Oceanus per interrogare i Cerebranti.
- Ep. 18 · Le emozioni di Ryoko bloccate in Altair mentre lei e Kyo esplorano il mondo reale
- Ep. 19 · Lu Sheng mette in discussione l'identità di Shizuno come Yehl durante un incontro a cena teso.
- Ep. 20 · Shizuno e Shima rivelano il trasferimento del server di Maihama sulla luna da parte del precedente Kyo.
- Ep. 21 · Shima smaschera il piano di Cerebrum mentre Kuroshio valuta di diventare un Gards-orm.