Shinkansen Henkei Robo Shinkalion: Mirai kara Kita Shinsoku no ALFA-X

Eine Forschungsgruppe namens Shinkansen Ultra Evolution Institute untersucht in Japan Monsterangriffe nach dem Auftreten eines geheimnisvollen Black Shinkansen. Ihre primäre Verteidigung bilden die Shinkalions, Züge, die sich in große Mecha verwandeln können. Hayato Hayasugi, ein Zugbegeisterter, entdeckt die Beteiligung seines Vaters an der SUEI und wird unerwartet zu einem Shinkalion-Piloten. Gemeinsam mit anderen Kindern trägt er die Verantwortung, gegen übernatürliche Bedrohungen zu kämpfen. Ein neuer Feind aus dem Weltraum erreicht die Erde mit dem Ziel, sie zu erobern. Die SUEI setzt ein neues Prototyp-Mecha namens ALFA-X ein, doch Hayatos Vater, Hokuto, verschwindet. Eine neunjährige Version von Hokuto reist durch die Zeit in die Gegenwart, um im Kampf zu helfen, und steuert das ALFA-X.