Shinkansen Henkei Robo Shinkalion: Mirai kara Kita Shinsoku no ALFA-X

Un gruppo di ricerca chiamato Shinkansen Ultra Evolution Institute sta investigando sugli attacchi di mostri in Giappone dopo l'apparizione di un misterioso Black Shinkansen. La loro principale difesa sono i Shinkalions, treni ad alta velocità in grado di trasformarsi in grandi mecha. Hayato Hayasugi, un appassionato di treni, scopre l'implicazione del padre nel SUEI e diventa inaspettatamente un pilota dei Shinkalion. Insieme ad altri bambini, si trova a dover affrontare minacce extraterrestri. Un nuovo nemico dallo spazio arriva con l'intento di conquistare la Terra. Il SUEI schiera un nuovo prototipo, l'ALFA-X, ma Hayato perde improvvisamente il padre, Hokuto, che scompare. Un'edizione di Hokuto di nove anni viaggia nel tempo fino al presente per aiutare nella battaglia, pilotando l'ALFA-X.