Shinkansen Henkei Robo Shinkalion: Mirai kara Kita Shinsoku no ALFA-X

Japonya'da gizemli bir Siyah Şinkansen'in ortaya çıkmasının ardından artan canavar saldırılarını araştırmak için kurulan bir araştırma grubu olan Shinkansen Ultra Evolution Institute (SUEI), saldırılarla mücadelede Shinkalions adlı, yüksek hızlı trenlerden oluşan ve büyük mekâlara dönüşebilen bir savunma sistemine sahiptir. Trenlerle ilgilenen bir çocuk olan Hayato Hayasugi, babasının SUEI ile olan bağlantısını öğrenir ve beklenmedik bir şekilde bir Shinkalion pilotu olur. Diğer çocuklarla birlikte, dünyayı öteki dünyalardan gelen tehditlerden koruma sorumluluğunu üstlenir. Uzaydan yeni bir düşman gelir ve dünyayı ele geçirmeyi planlar. SUEI, yeni bir prototip olan ALFA-X'i kullanmaya karar verir ancak Hayato'nun babası Hokuto kaybolur. Zaman yolculuğu yaparak bugüne ulaşan dokuz yaşındaki bir versiyonu, ALFA-X'i pilot ederek savaşa yardımcı olur.