Shinkansen Henkei Robo Shinkalion: Mirai kara Kita Shinsoku no ALFA-X

Grupa badawcza zwana Instytutem Shinkansen Ultra Evolution bada ataki potworów w Japonii po pojawieniu się tajemniczego Czarnego Shinkansena. Ich głównym zabezpieczeniem są Shinkalions, pociągi jadące z prędkością pocisków, które potrafią przekształcić się w duże mecha. Hayato Hayasugi, entuzjasta pociągów, odkrywa, że jego ojciec jest zaangażowany w działalność SUEI, i nieoczekiwanie staje się kierowcą Shinkaliona. Razem z innymi dziećmi ponosi odpowiedzialność za obronę przed zagrożeniami pochodzącymi z innych światów. Nowy wróg z kosmosu przybywa z zamiarem podboju Ziemi. SUEI wdraża nowy prototyp, ALFA-X, ale ojciec Hayato, Hokuto, znika. Dziewięcioletnia wersja Hokuto podróżuje w czasie do teraźniejszości, by pomóc w walce, pilotując ALFA-X.