Shinkansen Henkei Robo Shinkalion: Mirai kara Kita Shinsoku no ALFA-X

Một nhóm nghiên cứu mang tên Viện Nghiên Cứu Siêu Tiến Hóa Shinkansen đang điều tra các vụ tấn công quái vật tại Nhật Bản sau sự xuất hiện của một con Shinkansen Đen bí ẩn. Phương pháp phòng thủ chính của họ là các Shinkalion, những đoàn tàu đạn đạo có khả năng biến hình thành những cỗ máy khổng lồ. Hayato Hayasugi, một cậu bé mê tàu hỏa, phát hiện ra mối liên hệ của cha mình với Viện SUEI và bất ngờ trở thành một tài xế Shinkalion. Cậu cùng những đứa trẻ khác phải gánh vác trách nhiệm chống lại các mối đe dọa siêu nhiên. Một kẻ thù mới từ không gian xuất hiện với âm mưu chinh phục Trái Đất. Viện SUEI triển khai một mẫu thử nghiệm mới là ALFA-X, nhưng cha của Hayato, Hokuto, bỗng nhiên biến mất. Một phiên bản 9 tuổi của Hokuto du hành xuyên thời gian đến hiện tại để hỗ trợ trận chiến, điều khiển chiếc ALFA-X.