Shinkansen Henkei Robo Shinkalion: Mirai kara Kita Shinsoku no ALFA-X

กลุ่มวิจัยชื่อ Shinkansen Ultra Evolution Institute กำลังศึกษาการโจมตีของสิ่งมีชีวิตประหลาดในญี่ปุ่น หลังปรากฏตัวของ Black Shinkansen ปริศนา พวกเขาใช้ Shinkalions ซึ่งเป็นรถไฟความเร็วสูงที่สามารถแปลงร่างเป็นยานแมกซ์ขนาดใหญ่เป็นกำลังหลักในการป้องกัน Hayato Hayasugi ผู้ชื่นชอบรถไฟ ได้ค้นพบความเกี่ยวข้องของพ่อของเขาใน SUEI และกลายเป็นนักขับ Shinkalion อย่างไม่คาดคิด เขาต้องร่วมมือกับเด็กคนอื่นๆ ในการรับผิดชอบป้องกันภัยคุกคามจากอวกาศศัตรูใหม่ที่มีแผนจะยึดโลก SUEI ได้ส่ง ALFA-X ซึ่งเป็นต้นแบบใหม่ลงสนาม แต่พ่อของเขา Hokuto กลับหายตัวไป ทำให้เวอร์ชันอายุเก้าขวบของ Hokuto ต้องเดินทางข้ามเวลาไปยังปัจจุบันเพื่อช่วยในการสู้รบ โดยเป็นนักบินของ ALFA-X