Shinkansen Henkei Robo Shinkalion: Mirai kara Kita Shinsoku no ALFA-X

Sebuah kelompok peneliti bernama Shinkansen Ultra Evolution Institute sedang menyelidiki serangkaian serangan makhluk misterius di Jepang setelah munculnya Black Shinkansen yang aneh. Pertahanan utama mereka adalah Shinkalions, kereta cepat yang mampu bertransformasi menjadi mecha besar. Hayato Hayasugi, seorang penggemar kereta, menemukan keterlibatan ayahnya dengan SUEI dan secara tak terduga menjadi seorang pilot Shinkalion. Bersama anak-anak lainnya, ia harus menanggung tanggung jawab untuk melindungi bumi dari ancaman luar biasa. Musuh baru dari luar angkasa tiba dengan rencana menyerang Bumi. SUEI kemudian mengirimkan prototipe terbarunya, ALFA-X, namun Hokuto, ayah Hayato, menghilang. Sebuah versi Hokuto yang berusia sembilan tahun muncul dari masa depan untuk membantu perang, mengemudikan ALFA-X.