Shinkansen Henkei Robo Shinkalion: Mirai kara Kita Shinsoku no ALFA-X

Un groupe de recherche nommé l'Institut Shinkansen Ultra Evolution enquête sur les attaques de monstres en Japan après l'apparition d'un mystérieux Shinkansen noir. Leur principale défense est constituée des Shinkalions, des trains à grande vitesse capables de se transformer en méchas de grande taille. Hayato Hayasugi, un passionné de trains, découvre l'implication de son père au sein de l'ISUE et devient inopinément pilote de Shinkalion. Avec d'autres enfants, il assume la responsabilité de défendre la Terre contre des menaces surnaturelles. Un nouvel ennemi venu de l'espace arrive avec l'intention de conquérir la planète. L'ISUE déploye un nouveau prototype, l'ALFA-X, mais le père de Hayato, Hokuto, disparaît. Une version de neuf ans d'Hokuto voyage dans le temps jusqu'à l'époque actuelle pour aider à la bataille, pilotant l'ALFA-X.