Shinkansen Henkei Robo Shinkalion: Mirai kara Kita Shinsoku no ALFA-X

일본에서 신비한 블랙 신칸센이 등장한 이후 몬스터들의 공격이 계속되자, 연구 그룹인 Shinkansen Ultra Evolution Institute(SUEI)가 조사에 나선다. 그들의 주요 방어 수단은 변신이 가능한 대형 메카인 Shinkalions이라는 특수한 신칸센 열차다. 열차를 좋아하는 Hayato Hayasugi는 아버지가 SUEI와 연관되어 있다는 사실을 알게 되면서 예상치 못하게 Shinkalion 드라이버가 되고, 다른 어린이들과 함께 이세계적 위협에 맞서 싸우는 책임을 지게 된다. 우주에서 온 새로운 적이 지구 정복을 계획하면서 SUEI는 새로운 프로토타입 ALFA-X를 투입하지만, Hayato의 아버지인 Hokuto는 사라지고 만다. 과거에서 9살짜리 Hokuto가 현재로 시간 여행을 하여 ALFA-X를 조종하며 전투에 참가한다.