Shinkansen Henkei Robo Shinkalion: Mirai kara Kita Shinsoku no ALFA-X

日本の謎のブラック新幹線の出現に伴い、モンスターによる襲撃が相次いでいる中、研究グループ「新幹線ウルトラ進化研究所（SUEI）」はその調査に乗り出しています。SUEIの主な防衛手段は、変形可能な巨大メカに姿を変える「シンカリオン」という新幹線です。鉄道を愛する少年・早杉隼人（はやすぎ はやと）は、父のSUEIとの関与を知り、予期せぬ形でシンカリオンのパイロットとなることになります。彼を含め、他の子どもたちもまた、異次元からの脅威に立ち向かう責任を担うことになります。宇宙から新たな敵が現れ、地球征服を企てます。SUEIは新開発のプロトタイプ機「ALFA-X」を投入しますが、隼人の父・早杉北斗（はやすぎ ほくと）が行方不明になります。その代わりに、9歳の北斗がタイムスリップして現在の世界にやってきて、ALFA-Xのパイロットとして戦いを支えることになります。