एपि. 13: वेस्टर्न गेट कीपरों का कैकी शोगुन से सामना, जब शन स्वतंत्र रूप से कार्य करता है

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एक कार्गो विमान दुर्घटना के बाद, चार गुप्त A.E.G.I.S. उपकरण बरामद किए जाते हैं। बढ़ती इन्वेडर गतिविधि को संभालने के लिए वेस्टर्न ब्रांच ने फार-ईस्ट ब्रांच की सहायता के बिना जापान में तीन गेट कीपर वेटरेन्स को भेजा। ज़िम स्काइलार्क, जुन थंडर्स और मिसाओ साकिमोरी वापस आ रहे कैकी शोगुन से लड़ने के लिए इन उपकरणों में से तीन का उपयोग करते हैं। चौथे उपकरण को अस्वीकार्य माना जाता है और उसे उपयोग नहीं किया जाता है। अपने अधीनस्थ भूमिका से असंतुष्ट होकर, शन सीधे हस्तक्षेप करने का प्रयास करता है। उसके स्वतंत्र कार्यों के परिणामस्वरूप अंततः जनरल पकड़े जाने से बच जाता है। वेस्टर्न एजेंट्स अपनी धमकी को दबाने की मिशन जारी रखते हैं, इस बढ़ते संघर्ष में अपने युवा समकक्षों पर सहायता के लिए निर्भर रहने के खिलाफ अपनी स्थिति बनाए रखते हुए।