Shuumatsu Nani Shitemasuka? Mou Ichido Dake, Aemasuka?

コルナ・ディ・ルーゼの戦いから5年後、状況は悪化の一途をたどっている。その戦いの結果、エルピス商業連邦は誤って2頭の獣を放つことになり、スカイ島13にいたマテルノとスカイ島39にいたクロヤンスによって、両島が壊滅し多くの命が失われた。ステップ兄弟が連邦に所属する4等官のフェオドール・ジェスマンは、ガーディアン・ウィングス軍に昇進を目指してスカイ島38で訓練を受ける。ドーナツを買いに出かけた訓練をサボっていると、レプリカーンの少女ティアット・シバ・イグナレオに出会い、彼女は自分を忘れてくれと告げる。その後、フェオドールはスカイ島11からの訪問者を世話することになり、その中にティアット、ラケシュ・ナイク・セニアリウス、コロン・リン・パルガトリア、パンニバル・ノックス・カテナが含まれている。彼らに気づかれぬまま、この出会いはクロヤンスがスカイ島38に迫るのと同時に、ガーディアン・ウィングス軍内部に潜む陰謀と重なっている。