Shuumatsu Nani Shitemasuka? Mou Ichido Dake, Aemasuka?

Corna di Luce adlı savaşından beş yıl sonra, Sky Island 11'de durum kötüleşmeye devam etmektedir. Bu savaşın ardından Elpis Mercantile Federasyonu, Sky Island 13'te Materno ve Sky Island 39'da Croyance adlı iki canavarı yanlışlıkla serbest bırakmış, bu iki adanın yıkılıp çok sayıda canın kaybedilmesine neden olmuştur. Üst kumandasını babasının kardeşi olan Federasyon'a bağlı 4. Sınıf Subayı Feodor Jessman, Sky Island 38'de askeri kariyerini ilerletmek amacıyla eğitim alıyor. Ekmek almak için antrenmanı kaçıp donut alırken, ona unutulmasını isteyen bir leprekan kız olan Tiat Siba Ignareo ile tanışır. Daha sonra Feodor, Sky Island 11'den gelen ziyaretçileri bakmakla görevlendirilir; bu ziyaretçiler arasında Tiat, Lakhesh Nyx Seniorious, Collon Rin Purgatorio ve Pannibal Nox Katena yer alır. Onlara bilinmeden, bu karşılaşmanın Sky Island 38'e doğru yaklaşan Croyance ile Guardian Wings Ordusundaki gizli bir komploda kesiştiği anlaşılır.