Ep. 4: Atom stringe amicizia con Kenichi, Tamao e Shibugaki mentre incontra il misterioso robot Lightning.
In onda il 27 aprile 2003

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Atom inizia ad andare a scuola e stringe amicizia con i compagni Kenichi, Tamao e Shibugaki. Incontra anche Lightning, un misterioso robot capace di scomparire. Il gruppo rafforza il proprio legame navigando insieme. Tuttavia, si scopre che Lightning è un ladro manipolato dal malvagio Skunk Kusai. Alla scoperta di questa verità, Atom e i suoi amici tentano di intervenire per impedire a Lightning di commettere ulteriori atti malvagi.
Episodi
- Ep. 1 · Il Dr. Ochanomizu attiva Atom utilizzando l'energia di Metro City mentre un Geoworm va in tilt
- Ep. 2 · I giocatori di Robot Ball manipolati dal Dottor Tenma si dedicano a giochi violenti e sleali.
- Ep. 3 · Atom viaggia a Deimos per indagare sui robot minerari che disobbediscono agli ordini umani
- Ep. 4 · Atom stringe amicizia con Kenichi, Tamao e Shibugaki mentre incontra il misterioso robot Lightning.
- Ep. 5 · Katari sabota la fattoria di robot nella Gola Arcobaleno, mettendo in pericolo la Dottoressa Toneriko e i robot Vegeta.
- Ep. 6 · Tokugawa incarica il dottor Tenma di costruire un successore robotico per il figlio defunto Daichi, che diventa l'ostile Atlas.
- Ep. 7 · Il Dr. Ochanomizu rivela la vera origine di Atom mentre Atlas si rigenera e si dirige verso la Luna.
- Ep. 8 · Il dottor Katō fa saltare in aria il treno robotico, costringendo Atom a trovarlo prima che la velocità scenda o si verifichi la collisione con il Geoworm.